Руководители института – Татьяна Семеновна Панина (1988–1998), Наталья Михайловна Голянская (1998–1999), Ирина Исааковна Трубина (1999–2001).
Институт 90-х – это время энтузиазма, педагогических инициатив, желания работать и создавать новое. В сложный социально-экономический период институт оставался плацдармом стабильности и развития.
В июне 1992 года вышел Закон РФ «Об образовании», определивший, что «в Российской Федерации устанавливаются государственные образовательные стандарты, включающие федеральный и национально-региональный компоненты». В институте была создана целевая программа «Региональный компонент образования». Разработкой регионального компонента базисного учебного плана занимались 12 временных научно-исследовательских коллективов (ВНИК) с привлечением специалистов вузов, творческих союзов, учителей-практиков. За короткий срок вышла серия учебно-методической литературы.
Первые издания института
В этот период формируется программно-концептуальный подход к организации деятельности образовательного учреждения; вариативность содержания и форм образования и самообразования, предоставление слушателям права выбора спецкурсов.
В 90-е годы основой повышения квалификации в институте становится личностно ориентированный подход. Институт это открытая площадка для дискуссий, в которых участвовали многие «знаковые» личности того времени: П. Г. Щедровицкий, В. В. Давыдов и многие другие.
В институте продвигаются новые педагогические идеи, системы обучения и технологии: дифференцированное, проблемное обучение, экологизация образовательного процесса, развивающее обучение в начальной школе, программа «Радуга» и др. В 90-е годы институт активно развивает научные идеи валеологизации образовательного процесса, что способствовало становлению сети центров научных основ здоровья и развития в системе образования региона.
90-е годы – годы становления издательской деятельности. В 1991 году институт получил лицензию на издание газеты «Педагогический поиск», а учителя Кузбасса – возможность узнать о наиболее значимых событиях, происходящих в образовании, обменяться профессиональными идеями, стать «летописцами» образования родного края.
В 1991 году создается медиацентр института, объединивший несколько структурных подразделений и предоставивший возможность педагогам области использовать в своей работе наиболее актуальную информацию на различных носителях.
В 1995 году институту выдана лицензия на полиграфическую деятельность. Собственная полиграфическая база явилась катализатором развития редакционно-издательской деятельности института, позволила оперативно, качественно, большими тиражами изготавливать научные и учебно-методические издания.
В 1994 году в Кузбассе впервые состоялся областной конкурс «Учитель года», финал которого прошел в институте. С тех пор это площадка для развития конкурсного движения в Кузбассе. В 1996 году российский оргкомитет конкурса доверил Кемеровскому облИУУ организовать проведение финала Всероссийского конкурса по трем номинациям (физика, информатика, математика). В институте встречались лучшие учителя из разных регионов страны.
В эти годы происходит популяризация конкурсного движения: организуются пресс-конференции с учителями года с участием кузбасских журналистов, журналистов «Учительской газеты»; по итогам конкурса в областных газетах публикуются очерки, раскрывающие личность учителя.
В 90-е годы, несмотря на все трудности непростого времени, коллектив института смог не только не потерять накопленный багаж, но и приумножить его, что позволило нашему образовательному учреждению уверенно войти в новый век.